Program doktorancki z fizyki radiologicznej jest dość wyjątkowy, jako jedyny w Republice Czeskiej przygotowujący absolwentów na stanowiska z radiodiagnostyki, radioterapii, medycyny nuklearnej i radiobiologii. Program kursu i tematy prac doktorskich są ściśle związane z programem magisterskim z fizyki radiologicznej, dając bardziej dogłębny wgląd w szczególne obszary fizyki radiologicznej.

Program doktorancki w dziedzinie inżynierii fizycznej przygotowuje absolwentów do niezależnych karier twórczych w trzech ściśle powiązanych głównych obszarach naukowo-badawczych, a mianowicie elektronice fizycznej, inżynierii ciała stałego oraz strukturze i właściwościach materiałów.

Nowy program badań koncentruje się na bezpieczeństwie jądrowym instalacji jądrowych, materiałach jądrowych, źródłach promieniowania jonizującego i kryminalistyce jądrowej. Unikalna cecha nowego Ph.D. program dotyczy powiązań bezpieczeństwa jądrowego obiektów jądrowych, materiałów jądrowych, źródeł promieniowania jonizującego oraz bezpieczeństwa jądrowego obiektów jądrowych i ich synergii; szczególnie w zakresie gotowości na wypadek sytuacji kryzysowych i metodach kryminalistycznych stosowanych w różnych dziedzinach jądrowych.

Program integruje szeroki zakres wiedzy naukowej i inżynieryjnej skoncentrowanej na zaawansowanych częściach fizyki plazmy i pokrewnych technologiach. Program podkreśla wyzwanie opanowania kontrolowanej syntezy termojądrowej.

Program doktorancki w dziedzinie technologii kwantowych to multidyscyplinarny program, którego celem jest kształcenie najlepszych ekspertów zajmujących się badaniami i praktyką naukowo-techniczną w dziedzinie technologii kwantowych, zwłaszcza fizyki kwantowej, informacji i komunikacji, optyki kwantowej, laserów, ciał stałych, nanomateriałów, nanostruktury oraz zaawansowane metody charakteryzacji i modelowania.