Studia doktoranckie w CEU to w pełni finansowane programy studiów, trwające standardowo 4 lata i kończące się dyplomami amerykańskimi i austriackimi. Program studiów doktoranckich nie ma odrębnych ścieżek socjologii i antropologii – obie dyscypliny są zintegrowane. Studenci są zachęcani do prowadzenia badań empirycznych przy użyciu szerokiej gamy metodologii, jednak priorytetowo traktowane są podejścia teoretyczne, które obejmują szeroki program intelektualny.